Расшифрованная жизнь. Мой геном, моя жизнь - Крейг Вентер

Возможно, они содержат участки кодирования белков, регулирующих включение генов в зависимости от легкости, с которой они связываются с так называемыми транскрипционными факторами (такими, как упомянутый ранее мой «обезьяний» ген), а их в геноме насчитывается около 1800. Возможно, это не идентифицированные экзоны, – то есть неопознанные нами куски генов. Возможно, они помогают поддерживать структурную целостность генома правильной формы, позволяющей клеточному механизму расшифровывать код, или выполняют какую-то пока неизвестную нам функцию. Например, некоторые симптомы синдрома Дауна, определяемого дополнительной копией хромосомы, также могут быть связаны с наличием CNG.

Тони часто возвращался к своей любимой теме – могу ли я еще раз объяснить, каким образом собираюсь передать в общий доступ результаты секвенирования генома человека и в тоже время обеспечить Celera возможность зарабатывать деньги? Когда ему самому было неловко задавать этот вопрос, он говорил, что, мол, «старый приятель» его об этом спрашивает. Снова и снова я объяснял, что «сырая» последовательность не имеет большой цены для ученых, биотехнологических и фармацевтических компаний, да и общества в целом. Тони никак не мог понять, что генетический код человека представляет собой «невнятицу» из 3 миллиардов нуклеотидных пар, бесконечных цепей нуклеотидов A, C, G, и T и не имеет никакой ценности для тех, кто не способен идентифицировать небольшие участки, например кодирующие некий белок.

Мы часто упускаем из виду, что Фрэнсис Коллинз и его друзья могут изображать государственный проект «Геном человека» как «чистый», свободный от патентов, поскольку бо́льшая часть получаемых данных передается без всякого понимания их функций в GenBank, открытое хранилище последовательностей ДНК. Истинную же ценность представляет только комплексный анализ генетического кода, позволяющий судить о его назначении. Чтобы решить данную задачу, Celera разрабатывает и устанавливает новые компьютерные программы на самом совершенном в мире компьютере, специально для этого предназначенном. Секвенировав геном человека, мы приступим к секвенированию генома мыши и создадим важнейший инструмент – сравнительную геномику, для дифференцирования действительно важных частей, так называемых эволюционно консервативных участков, общих для обоих геномов, и для определения их функций. Нам предстоит также выявить ошибки в расшифровке генома, однонуклеотидные полиморфизмы SNP (произносится «снипы»), с которыми связаны риски заболеваний или риски побочного действия лекарств, определяющие эффективность лечения.

Так что же именно мы продаем? – так обычно спрашивал Тони после подобного объяснения. Я отвечал, что мы стараемся создать для геномной науки нечто вроде оперативной системы Windows, в шутку заметив, что я вовсе не «Билл Гейтс геномики», как меня нередко называли в прессе. Еще мне нравилось, когда меня называли «Блумбергом от биологии». Мы хотели продавать доступ к полученной информации – «упакованной» и хорошо организованной в обширной, удобной для пользования базе данных, то есть соединить достижения молекулярной биологии с передовыми компьютерными технологиями.

Главный управляющий бизнес-процессами в Celera Питер Баррет из PerkinElmer неплохо разбирался в коммерческой модели базы данных. Он был толковым (имел научную степень по химии), приветливым парнем, сумевшим добиться успеха и удерживаться на плаву в корпорации PerkinElmer более двадцати лет. Но поскольку он любил действовать в одиночку и никому не доверял бразды руководства, он оказался не самым лучшим помощником в деле воплощения идей Celera. С другой стороны, он, вне всякого сомнения, внес огромный вклад в создание бизнеса и помог нам заработать миллионы еще до расшифровки хотя бы одной буквы генетического кода.

Питер был чрезвычайно щепетилен в вопросах патентования. Пока я старался защищать концепцию отказа от патентования результатов секвенирования, если только они не представляют очевидную ценность для развития диагностики и фармацевтики, адвокат компании Celera по патентам Роберт Миллман при поддержке Питера стал жаловаться Уайту за моей спиной. Против моей воли Миллман хотел патентовать абсолютно все наши последовательности, не оставив ни одну из них без юридического оформления, как при «ковровом бомбометании».

Действия Миллмана меня не удивляли: в конце концов, он работал еще с Хазелтайном над документами по блокированию публикации первого генома Haemophilus influenzae в 1995 году. Сейчас ему казалось, что он живет в «патентном раю», или, как он это называл, в «вожделенных мечтах патентного адвоката»{145}. Его представление о великом «захвате» генов поразило воображение главного юридического консультанта Applera Уильяма Соча, подстрекавшего Миллмана «подсидеть» меня, и Миллман принялся говорить Уайту, что я «бросаю деньги на ветер», отказываясь патентовать каждый ген, будь то ген дрозофилы, человека или мыши.

Эта «война» дошла до совета Applera, где мне пришлось отстаивать необходимость патентования только того, что имеет явную ценность. Я боролся за наши принципы – свои и своих сотрудников, поскольку мы обещали сделать геном человека общедоступным. Порой напряжение становилось сильнее, чем я мог вынести. Я уже был немного знаком с Биллом Клинтоном, и меня вдохновлял его пример – я с восхищением наблюдал, как он справлялся с бесконечными затруднительными ситуациями, связанными с взаимоотношениями со СМИ и политическими оппонентами. Скрывая от противников свой страх и волнение, вы можете оказать им гораздо более действенный отпор, чем нанося прямой ответный удар (хотя последний наверняка доставил бы вам огромное удовольствие).

Несмотря на препятствия, боевой дух в Celera был не просто высоким, он был на невероятной высоте. Это отмечали все наши гости – мы понимали, что впереди нас ждут великие свершения. Мы любили устраивать экскурсии по Celera, особенно я, потому что необыкновенно гордился своей командой и тем, что я создал, – это было похоже на настоящий научный Камелот. Новые идеи, новые подходы, новая техника. Каждый знал, что мы поистине творим историю.

У всех моих специалистов была одна и та же главная инструкция: осуществить невозможное. И они знали – если в одной группе произойдет сбой, это отразится на всем процессе. В знак уважения к нашим компьютерщикам, мы решили внедрить настоящую гик-культуру (гик – человек, увлеченный своим делом, например, компьютерами), со всеми сопровождающими ее атрибутами – суперкофеварками для эспрессо, настольным футболом и столами для пинг-понга. Майерс даже назвал группу своих последователей «группой гиков». Каждый понедельник начинался с битвы: гики-компьютерщики в пластиковых шлемах викингов, вооруженные игрушечными ружьями, стреляющими пенопластовыми шариками, а и иногда с надувными булавами, вступали в бой с группой биоинформатиков, выбравших в качестве своего оружия игрушечные же арбалеты. Во время боя из динамиков неслись неистовые звуки вагнеровского «Полета валькирий».

В группу Хэма Смита входили несколько весьма привлекательных молоденьких лаборанток, помогавших собирать библиотеку клонов. Я называл девушек «гарем Хэма». У нас не было Круглого стола, зато внизу было прекрасное кафе с отличной едой, которую готовил великолепный повар Пол. Кафе стало главным местом наших встреч, где почти все ежедневно ели, общались и обсуждали научные проблемы. Когда у меня портилось настроение, мне было достаточно еще раз увидеть, что мы создали, поговорить со своими сотрудниками, и я чувствовал новый прилив сил и вновь был готов к дальнейшей борьбе.

Теперь мы располагались в двух четырехэтажных зданиях с полуподвальными помещениями площадью около 9,5 тысяч м². На первом этаже корпуса № 1 были административные помещения, мой кабинет и кабинеты старших научных сотрудников, второй этаж занимала лаборатория протеомики, а на третьем этаже мы разместили секвенаторы ДНК модели ABI 3700 и организовали небольшие рабочие места для лаборантов. На верхнем этаже проводился анализ ДНК.

Там же начиналось исследование генома, там работал Хэм Смит со своей командой. Он создавал библиотеки последовательностей, используя небулайзер с узким отверстием для распыления раствора ДНК и аккуратно разрезая ДНК хромосом на значительно более мелкие фрагменты. После прохождения через небулайзер, а затем через гели, эти фрагменты ДНК сортировались по размеру. Хэм выделял фрагменты длиной 2 кб (2 тысячи пар оснований), 10 кб и 50 кб. Затем произвольно выбранные фрагменты ДНК встраивали в плазмидные векторы, позволяющие ввести фрагменты ДНК в клетки E. coli, где они размножались миллионы раз. Таким образом мы хотели создать десятки миллионов фрагментов для формирования трех разных библиотек: для фрагментов длиной 2, 10 и 50 кб.